位于澎湖县白沙乡歧头村58号。白沙乡包括白沙本岛、目斗屿、吉贝屿和鸟屿等小岛组合而成。因为岛上遍布白色细沙，而取名“白沙”。水族馆占地面积6600平方米，里面搜罗了澎湖近、远海域的各种水族生物，并结合高水准的展示科技，堪称全台湾设施最完善、内容最丰富的水族馆。展示区由浅海循序进入深海，分为海滨、礁岩、大洋三部分，其中大洋区内长达14米的拱形玻璃深海底隧道，是全馆最精彩的焦点，走入隧道，造型各异的海洋生物在四周穿梭畅行，仿佛置身瑰丽的海底世界。此外，海滨展示区有人工营造的各种澎湖典型海崖景观；礁岩展示区则规划有造礁岩、珊瑚礁，并有艳丽的活珊瑚及热带鱼悠游其中，宛如一座缤纷的海底花园。